Історія відкриття Кілійської школи № 3 офіційно починається після перемоги СРСР над фашистською Німеччиною.

      У 1944 р. Одеський обласний виконавчий комітет відновлюється, в тому числі в її складі відновлює свою роботу Одеській обласний відділ народної освіти, якому підпорядковується створений в Кілійському районі районний відділ народної освіти.

      У 1947р. рішенням районної ради народних депутатів було відкрито восьмирічну школу № 3.

      В 1962р. Кілійську восьмирічну школу № 3 перейменовано на неповну середню школу № 3 з 9 річним навчанням і в такому форматі школа функціонувала до 1977 року.

      В 1977 р. рішенням районної ради народних депутатів «Про реорганізацію Кілійської неповної середньої школи в середню школу №3» від 06.09.1977р., наказ №189 школа об’єднується з середньою школою №4 і змінює свій статус  та називається Кілійською загальноосвітньою школою І-ІІІ ст. № 3.

      Розпорядженням Кілійської райдержадміністрації від 12.05.2003р. за№281 Кілійська загальноосвітня школа І-ІІІ ст. № 3 реорганізовується в навчально-виховний комплекс «Кілійська загальноосвітня школа І-ІІІ ст. № 3-ліцей».

      З 2009 р. рішенням Кілійської районної ради від 27.10.2009 р. за № 269-V-ХХ та згідно свідоцтва про державну реєстрацію АО-1 № 005927 від 09.12.2009р. НВК «Кілійська ЗОШ І-ІІІ ст. № 3-ліцей» перейменована в Кілійський НВК «ЗОШ І-ІІІ ст. № 3-ліцей».

      З 2019 року  рішенням Кілійської міської ради від 07.12.2018 № 231-VІІ/О-10 Кілійський НВК «ЗОШ І-ІІІ ст. № 3-ліцей» перейменований у Кілійський заклад загальної середньої освіти І-ІІІ ступенів № 3-ліцей Кілійської міської ради Одеської області.

      Рішенням Кілійської міської ради від 16.12.2020 р. №39-VІІІ-2 Кілійський заклад загальної середньої освіти І-ІІІ ступенів №3-ліцей Кілійської міської ради Одеської області перейменовано в Кілійський заклад загальної середньої освіти №3 Кілійської міської ради.